Lối vào khuôn viên MitakaVòm khúc xạ 65cm, nay là Bảo tàng Lịch sử Đài quan sátĐài VERA IshigakijimaKính viễn vọng SubaruKhuôn viên Mitaka (Mitaka, Tokyo. 35°40′31″B 139°32′17″Đ / 35,6752172°B 139,5380831°Đ / 35.6752172; 139.5380831)Trụ sở chính, Trung tâm Dữ liệu Thiên văn, Trung tâm Công nghệ Tiên tiến, Trung tâm Quan hệ Công chúngKính viễn vọng Vết lóa Mặt Trời, Kính viễn vọng Vết đen Mặt Trời, Máy dò sóng hấp dẫn TAMA 300Vòng tròn Kinh tuyến Quang điện TokyoDụng cụ lịch sử: Kính thiên văn Tháp Mặt Trời, vòm khúc xạ 65 cm, vòm khúc xạ 20 cmĐài quan sát Vô tuyến Nobeyama[2] (Minamimaki, Nagano, 35°56′28″B 138°28′13″Đ / 35,9410112°B 138,4702528°Đ / 35.9410112; 138.4702528)Kính viễn vọng Vô tuyến Milimét 45m, Máy đo phân cực Vô tuyến NobeyamaDụng cụ ngừng hoạt động: Mảng Milimét Nobeyama, Máy quang báo Vô tuyến NobeyamaĐài quan sát Mizusawa VLBI (Ōshū, Iwate. 39°08′06″B 141°08′00″Đ / 39,1350952°B 141,1332035°Đ / 39.1350952; 141.1332035)Đài VERA Mizusawa (kính viễn vọng vô tuyến 20m), kính viễn vọng vô tuyến VLBI 10mCông trình lịch sử: Bảo tàng Dr. KimuraĐài VERA Ogasawara (Ogasawara. 27°05′30″B 142°13′0″Đ / 27,09167°B 142,21667°Đ / 27.09167; 142.21667)Kính viễn vọng vô tuyến 20mĐài VERA Iriki (Iriki. 31°44′52″B 130°26′24″Đ / 31,7478213°B 130,4399443°Đ / 31.7478213; 130.4399443)Kính viễn vọng vô tuyến 20mĐài VERA Ishigakijima (Ishigakijima. 24°24′43,83″B 124°10′15,58″Đ / 24,4°B 124,16667°Đ / 24.40000; 124.16667)Kính viễn vọng vô tuyến 20mKAGRA (Hida, Gifu. 36°24′42,84″B 137°18′20,88″Đ / 36,4°B 137,3°Đ / 36.40000; 137.30000)Kính viễn vọng sóng hấp dẫn KAGRAĐài quan sát Ishigakijima (Ishigakijima)Kính viễn vọng MurikabushiĐài quan sát Hawaii (Hawaii)Kính viễn vọng Subaru 8m (Mauna Kea). 19°49′33″B 155°28′35″T / 19,825814°B 155,476455°T / 19.825814; -155.476455)Cơ sở Hilo (Hilo, Hawaii. 19°42′10″B 155°05′25″T / 19,70289°B 155,0902498°T / 19.70289; -155.0902498)Đài quan sát Chile (Hoang mạc Atacama, Chile)Atacama Large Millimeter/submillimeter ArrayAtacama Submillimeter Telescope Experiment (ASTE)Cơ sở ngừng hoạt độngĐài quan sát Mặt Trời Norikura (Núi Norikura, Nagano, 36°07′01″B 137°33′09″Đ / 36,116925°B 137,552528°Đ / 36.116925; 137.552528)Trước đây thuộc NAOJ và ngừng hoạt động vào năm 2010. Công trình được tái sử dụng cho mục đích nghiên cứu, bao gồm cả những công việc phi thiên văn cho Viện Khoa học Tự nhiên Quốc gia Nhật Bản.Đài quan sát Vật lý thiên văn Okayama (Núi Chikurinji ở Asakuchi, Okayama. 34°34′34″B 133°35′39″Đ / 34,5760726°B 133,5941148°Đ / 34.5760726; 133.5941148)Cơ sở vẫn thuộc về NAOJ, nhưng kính viễn vọng 188cm của nó hiện được vận hành bởi Viện Công nghệ Tokyo.[3]Kính viễn vọng ngừng hoạt động: kính viễn vọng 91cm, kính viễn vọng mặt trời Coude-Type 65cm